Количественное определение санитарно-бактериологических показателей проводится мембранным методом. Посевы проб с предположительно разными уровнями загрязненности выполняются в отдельных помещениях, чтобы исключить возможность кросс-контаминации. Посевы проводятся на мембранные фильтры, прошедшие входной контроль качества, на фильтровальных установках Sartorius. Воздух в помещениях очищается фильтрами тонкой очистки и обеззараживается ультрафиолетовыми рециркуляторами.
Для повышения качества санитарно-бактериологических анализов используются сертифицированные сухие питательные, селективные и дифференцирующие среды ведущих отечественных и зарубежных производителей - Difco, Bio-Merieux, Merck, Oxoid.